В сети инфы не нашел вообще. Предлагают выпилить старый и вкорячить новый. В моем случае это частичное решение.
Силиконом не советую, опять начнет гнить вокруг него. Можно сделать вот так:
Косметический ремонт деревянных окон
Устранение локальных повреждений. Например, повреждение грибком части оконной рамы.
выявление участка повреждения. Для этого можно провести небольшой тест: шилом нужно продавить ветхие или подозрительные участки рамы, если острие легко проваливается, значит древесина повреждена;
срезание непригодного слоя;
очищенный участок высушивают. Для этого можно использовать строительный фен или тепловентелятор (будьте осторожны со стеклом, направляйте поток воздуха непосредственно на древесину);
нанесение отвердителя для древесины и консерванта;
нанесение шпатлевки. Толщина слоя – согласно инструкции. Если нужно нанести несколько слоев, нужно дождаться пока первый хорошо просохнет;
окрашивание окна.
http://moydomik.net/okna/derevo-okna/271-remont-derevyannogo-okna-restavraciya.html Или самому смешать мелкие опилки с каким нибудь клеем и замазать.